刑事案件书记员回避由谁决定

在刑事案件中，对于书记员是否回避，应当由人民法院的院长进行决定。《刑事诉讼法》规定，审判人员、检察人员、侦查人员的回避，应当分别由院长、检察长、公安机关负责人决定；院长的回避，由本院审判委员会决定；检察长和公安机关负责人的回避，由同级人民检察院检察委员会决定。
法律依据：
《中华人民共和国刑事诉讼法》第三十一条
审判人员、检察人员、侦查人员的回避，应当分别由院长、检察长、公安机关负责人决定；院长的回避，由本院审判委员会决定；检察长和公安机关负责人的回避，由同级人民检察院检察委员会决定。
对侦查人员的回避作出决定前，侦查人员不能停止对案件的侦查。
对驳回申请回避的决定，当事人及其法定代理人可以申请复议一次。