法院认定犯罪数额能否超出指控数额

可以。
犯罪数额的类型所不同的。从我国刑法的观念来看，数额具有以下类型：
(一)违法所得数额
违法所得数额是指通过犯罪而实际得到的非法利益的数量。财产犯罪和经济犯罪，从行为人的主观目的来说，都是为了牟取非法利益，而犯罪所得数额的大小正是反映了这一目的的实现程度，因而对于定罪具有重要意义。我国刑法中关于违法所得数额的规定，在大部分情况下规定为数额较大，这里的数额较大就是违法所得数额。
(二)违法经营数额
违法经营是指经营型经济犯罪中存在的货币和物品的数量。经济犯罪的经营数额表明经济犯罪的规模，它对于确定行为的法益侵害程度具有一定的影响，因而对于定罪具有重要意义。应当说，经营型经济犯罪也必然具有违法所得数额，但立法者之所以不以违法所得数额而以违法经营数额作为犯罪成立条件，主要是考虑到在经营型经济犯罪中，由于犯罪的发展进程不同，违法所得数额往往难以确定。尤其是在经营亏损的情况下，营利目的未能实现，不利于司法机关对经济犯罪的定罪，因此，刑法规定以经营数额作为犯罪成立条件。
(三)特定数额
我国刑法除了规定犯罪所得数额和犯罪经营数额以外，还规定了某些特定数额。