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从理论上讲，公司登记、股东名册和公司章程关于股东及其股权的记载，三者都应当相同，但在公司实践中，却往往出现因公司没有依法履行义务而导致三者的记载不一致的情况。
例如，有的公司根本不注重公司股东名册的置备与否，即使置备后也不对股东及其股权的变更情况进行记载有的公司在股东转让股权后没有及时修改公司章程和进行变更登记。一旦出现股东资格和股权争议时，常常会因三者记载不一致而增加公司纠纷处理难度。
实践中可以根据公司登记、股东名册和公司章程的不同法律效力，按以下原则来做出处理：
1、如果股东资格及其股权的争议发生在股东与第三人之间，则应以公司登记作为认定股东资格及其股权的依据。如果股东资格及其股权的争议发生在公司与股东、股东与股东或者股份出让人与受让人之间，这时的股东登记只具有前述的公示效力，应当以股东名册的记载和公司章程记载为认定股东资格及其股权的依据。
2、按照《公司法》第三十三条第一款和第二款的规定，股东名册具有权利推定的效力，公司股东是在股东名册上记载的人。因此，如果股东资格及其股权的争议发生于公司与股东、股东与股东或者股份出让人与受让人之间，应当按照股东名册的记载来认定股东资格及其股权，包括对出资人和股权受让人的股东资格及其股权的认定。如果公司未置备股东名册，或者因股东名册登记管理不规范，未及时将出资人或者受让人记载于股东名册，但以其他方式能够证明出资人或者受让人的股东身份的，如已当选为公司董事参与公司决策或已经分取公司红利的，就可以认定出资人或者受让人的股东资格。
3、如果公司章程记载和股东名册记载的内容发生冲突，公司章程虽为社团的自治性宪章，但约定效力应不及法律直接规定的权利推定，且有限责任公司章程的公示性较股东名册为弱，按照《公司法》第三十四条的规定，有限责任公司股东有查阅和复制公司章程的权利，但并没有公司必须将章程置备于公司的规定，因此，在这种情况下股东资格的认定应以股东名册记载为准。
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