最新食品菌落总数超标要罚款5万？？？

根据您的情况，应该按照《食品安全法》来处罚是不容置疑的，因为这个法律是最新的，处罚依据是根据第九章的第八十五条第二款：生产经营致病性微生物、农药残留、兽药残留、重金属、污染物质以及其他危害人体健康的物质含量（菌落总数应该是属于危害人体健康的物质）超过食品安全标准限量的食品。处罚：违反本法规定，有下列情形之一的，由有关主管部门按照各自职责分工（个人理解，是没销售的由质检系统抽检的归质监部门处罚，已经销售的在商场超市或者流通领域抽检的归工商部门处罚。新的食品药品监督部门成立后有可能归他们处罚），没收违法所得、违法生产经营的食品和用于违法生产经营的工具、设备、原料等物品；违法生产经营的食品货值金额不足一万元的，并处二千元以上五万元以下罚款；货值金额一万元以上的，并处货值金额五倍以上十倍以下罚款；情节特别严重的，吊销许可证。