在北京违章，只能三个人的本最多，那么在北京违章要扣分吗

这个理解不完全正确，一辆机动车只能有三个不同的驾驶证用于确认违法行为，但并不等于限制一辆机动车只能有不超过36分的违法记录，一旦超分上路行驶就要被扣。正确理解是一辆机动车只允许三个不同的驾驶证用于确认违法行为，但是如果车辆有违法记录超过36分的话说明至少有一个驾驶证是需要被记满12分以上的，被记满分的驾驶证要求30天内参加满分考试才能恢复，但是记分记录是跟随具体驾驶证的，而不是与机动车捆绑，因此机动车上路行驶不受限制。