我与朋友合伙开公司，注册是他的名字，我们该怎么定立合作协议，才能更好的保护双方利

一般的公司是多个股东一起出资设立的，股东在工商局都有备案，会有公司章程、股东出资协议等文件规范双方的权利义务。既然没有这些文件，那么你提到的公司应该不属于两个以上股东的公司。如果该公司是一人有限责任公司，股东仅你朋友一人，但你又有实际出资，则你应该是隐名股东，应该与你朋友签订一份协议，约定双方的权利义务，以免有争议时说不清楚。我猜你说的“公司”应该是以你朋友个人名义注册的个体工商户或是个人独资企业，如果是这样，也应该签订一份完整的协议。