你好领导，小老板不接电话，不打欠条，玩失踪，应该找那个部门？

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协商不成，到 公司 所在地 劳动争议仲裁委员会 申请仲裁。
法律依据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》
第二条 中华人民共和国境内的用人单位与劳动者发生的下列劳动争议，适用本法：
　　
（一）因确认劳动关系发生的争议；
　　
（二）因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议；
　　
（三）因除名、辞退和辞职、离职发生的争议；
　　
（四）因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议；
　　
（五）因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议；
　　
（六）法律、法规规定的其他劳动争议。
　　第三条 解决劳动争议，应当根据事实，遵循合法、公正、及时、着重调解的原则，依法保护当事人的合法权益。
　　第四条 发生劳动争议，劳动者可以与用人单位协商，也可以请工会或者第三方共同与用人单位协商，达成和解协议。
　　第五条 发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解；不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，除本法另有规定的外，可以向人民法院提起诉讼。

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不知你的领导不让你管是不是有书面的东西，要知道在法庭上只有书面的东西才可以作为证据使用。
你的罪很小，估计判刑也是缓刑。因为当初工程协议是有你的领导和工程方签订的，你所负的责任只是监管不力，但又因为当时领导又不让你管（最好有书面证据或者证人），监管责任又大大降低了。在法庭上你可把这些说明白，如果你说的是真的话，相信你的责任不会是太大的