分包单位备案和甲方有关系吗

有，根据法定要求，总承包单位都对施工安全、质量等负有主要责任的，所以为了对中下层服务单位有一定的约束，会形成协议合同以及备案这一种书面文件。
根据《房屋建筑和市政基础设施工程施工招投标管理办法》第四十七条规定：招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起30日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同；招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。订立书面合同后7日内，中标人应当将合同送工程所在地的县级以上地方人民政府建设行政主管部门备案。如不备案，虽合同仍然有效，但如发生纠纷，则增加所需承担的风险。