主合同补充协议冲突以哪个为准

关于主合同与补充协议的效力层级问题，通常情况下，补充协议优于主合同。
当二者存在冲突时，优先适用补充协议的约定。
以下为具体说明：
1.明确约定优先情况：若补充协议明确表明，在与主合同冲突时以自身为准，且此约定不违背法律法规的强制性规定，那么毫无疑问应以补充协议为准。
例如，在一些商业合作项目中，补充协议对合作方式进行了调整并明确约定以此为准，就按补充协议执行。
2.未明确约定优先情况：若补充协议未明确效力优先顺序，需综合多方面判断。
比如合同签订时间、具体条款内容等。
如果补充协议只是对主合同的细化、修改或补充，且不影响主合同主要权利义务，一般以补充协议为准；
若补充协议对主合同主要条款进行了实质性变更，可能就需要双方重新协商，或者根据具体情形判断。
总之，具体应以合同的具体约定以及相关法律规定来确定效力优先顺序。

案情回顾:

小许与小李签订了一份商业合作主合同，后又签订补充协议，补充协议对合作方式进行调整，但未明确在与主合同冲突时以何为准，双方就主合同与补充协议的效力层级产生争议，不知该以哪个为准进行合作。

案情分析:

1、若补充协议明确表明在与主合同冲突时以自身为准，且不违背法律法规强制性规定，就应以补充协议为准。本案中补充协议未明确约定，所以不适用此情况。
2、补充协议未明确效力优先顺序时，需综合判断。若只是细化、修改或补充且不影响主合同主要权利义务，一般以补充协议为准；若进行实质性变更，则需重新协商或根据具体情形判断，本案需进一步分析补充协议具体内容来确定。