土地确权时才知道土地被侵占了怎么办?

向人民法院提起诉讼。土地确权时才知道土地被侵占了的，可以向人民法院提起诉讼，情节严重的可以向侵占行为人追究刑事责任。根据《刑法》规定，违反土地管理法规，非法占用耕地、林地等农用地，改变被占用土地用途，数量较大，造成耕地、林地等农用地大量毁坏的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。

《中华人民共和国刑法》第三百四十二条
违反土地管理法规，非法占用耕地、林地等农用地，改变被占用土地用途，数量较大，造成耕地、林地等农用地大量毁坏的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。