招标文件中条款有合同效力吗?

看实际情况。

招标文件中的专用合同条款也就是招标合同中的条款内容，该条款内容是否具有法律效力需要结合以下情况确定：
1、合同中的条款效力需要看是否双方当事人的真实意思表示；
2、是否有违反国家法律规定的地方，以及是否侵害他人的权益。
3、对于合同中提供格式条款一方免除责任、加重对方责任、排除对方主要权利的条款无效。

《民法典》第一百四十三条
具备下列条件的民事法律行为有效：
(一)行为人具有相应的民事行为能力；
(二)意思表示真实；
(三)不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。