协议的双方要怎样处理专利问题

协议双方处理专利问题，要依据民法典和专利相关法律规定，遵循意思自治与合法合规原则，可从以下方面入手。
先明确专利归属。要是协议涉及专利创造，双方得明确约定专利申请权和专利权归谁。像合作开发完成的发明创造，没另外约定的话，申请专利的权利归合作开发各方共有。一方转让其共有的专利申请权，其他各方有优先受让权。
接着规范专利使用。双方要在协议里明确专利使用方式、范围、期限等。可以约定独占实施许可，就是让渡方在约定许可实施专利范围内，只许可受让方实施该专利；也可约定排他实施许可，即让渡方在约定范围内仅许可受让方实施，自己按约定不能实施；还能约定普通实施许可，让渡方在约定范围内许可受让方实施，自己也能实施，还可许可他人实施。
然后约定侵权责任承担。协议要明确发生专利侵权时，责任归谁和赔偿方式。一方未经许可使用专利导致侵权，要承担赔偿责任，赔偿对方因此遭受的损失。
最后建立专利保密和后续改进条款。对于涉及专利的技术秘密，双方有保密义务。同时，要对后续改进技术成果的分享办法作出约定。

案情回顾:

小朱和小许签订协议处理专利问题。在专利归属上，二人对合作开发完成的发明创造的专利申请权归属产生争议，小朱认为应归自己，小许则觉得双方共有。在专利使用方面，对于是独占实施许可、排他实施许可还是普通实施许可，未明确写进协议起争执。另外，一旦发生专利侵权，责任承担和赔偿方式也未提前约定好，后续若侵权问题难以解决。并且，双方没有建立专利保密和后续改进条款，存在隐患。

案情分析:

1、依据相关法律，合作开发完成的发明创造，除另有约定外，专利申请权属于合作开发各方共有，一方转让其共有的专利申请权，其他各方享有优先受让权，所以此发明创造专利申请权依法应为双方共有。
2、协议中应该明确专利使用方式等内容，包含独占、排他、普通实施许可的具体情形，这能避免后续使用上的纠纷。
3、若一方未经许可使用专利致侵权，需承担赔偿责任赔偿对方损失，因此协议需提前约定好侵权责任及赔偿方式。
4、为保护专利技术秘密，双方应承担保密义务，同时有必要对后续改进技术成果分享办法作出约定。