要结合预期的情况和性质来进行区别对待，一般情况下如果你占有的是国有土地并且有土地使用权，那么你所建的房屋也是有房产所有权的，也就是证照齐全的房屋。只不过房产证上标明的使用性质是工业而不是住宅，在实践中这种情况就要结合具体的使用性质和现状来参考补偿。
证照齐全，并且取得了营业执照可以对外经营，在传统的观点中就是一个临街商铺，基本满足了门面房的客观要件，只不过没有取得商铺的房产手续，这样就应该参照门面房的价格进行补偿。
第二种就是没有房产证和土地证的租赁房屋，或者在租赁的土地上自建的房屋，对外产生商业经营行为的情形。这种情形原则上就不能按照上一种情况来补偿，因为补偿价值大部分都在土地上，取得土地使用权才能按照实际状况来进行参考补偿，这个情况主要是按照你的经营情况来进行补偿。除了厂房的重置成新价，对商业经营行为而言，就是经营利润和停产停业损失可以给予一定的补偿。
第三种就是完全租赁。房子是房东所建，然后租赁过来后适当改造形成商铺经营的形式，原则上是适当给予停产停业损失补偿和室内装修附属物的补偿，完全达不到按照商铺补偿的标准。
