我有一个朋友被禁毒大队抓了，当时我的车钥匙在他身上所以也被扣押了，听警察说车里还有一些违禁药品如果我去取车的话会需要交罚款或者说不予归还么？

根据你说的情况，你的车不属于刑法上“作案工具”的范畴，充其量也仅仅是犯罪证据之一，公安机关对该类犯罪证据可以采取拍照等方式固定，之后发还给证据所有人。因此，你可以要求公安机关把车还给你。