不良债权转让有瑕疵能向法院起诉撤销吗

可以。起诉是公民或单位的权利，但能否得到法律的支持，则是另一回事。
法条链接；《合同法》
1、第五十四条下列合同，当事人一方有权请求人民法院或者仲裁机构变更或者撤销：
(一)因重大误解订立的
(二)在订立合同时显失公平的。
一方以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使对方在违背真实意思的情况下订立的合同，受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构变更或者撤销。
当事人请求变更的，人民法院或者仲裁机构不得撤销
2、第五十五条有下列情形之一的，撤销权消灭：
(一)具有撤销权的当事人自知道或者应当知道撤销事由之日起一年内没有行使撤销权
(二)具有撤销权的当事人知道撤销事由后明确表示或者以自己的行为放弃撤销权。