经过行政复议案件的被告确认有效吗

解析：
在此次行政复议程序实施过程中，尽管行政机关已经做出了实质性的行政行为，但在这一阶段该行为依然被视为有效且可以继续执行，除非存在被申请方坚决要求停止执行，或者行政复议机构经过综合考虑后决定需暂时停止执行等特殊情况。
法律依据：
《中华人民共和国行政复议法》第二十一条
行政复议期间具体行政行为不停止执行；
但是，有下列情形之一的，可以停止执行：
（一）被申请人认为需要停止执行的；
（二）行政复议机关认为需要停止执行的；
（三）申请人申请停止执行，行政复议机关认为其要求合理，决定停止执行的；
（四）法律规定停止执行的。
第三十一条
行政复议机关应当自受理申请之日起六十日内作出行政复议决定；
但是法律规定的行政复议期限少于六十日的除外。
情况复杂，不能在规定期限内作出行政复议决定的，经行政复议机关的负责人批准，可以适当延长，并告知申请人和被申请人；
但是延长期限最多不超过三十日。
行政复议机关作出行政复议决定，应当制作行政复议决定书，并加盖印章。
行政复议决定书一经送达，即发生法律效力。