法院判决公司土地权益能否对抗登记机关登记效力 ？

这个……如果受让人是善意第三人，法律保护该交易。法院判决后，诉讼权利人没有及时到房屋或土地管理部门办理变更登记，这是诉讼权利人的失误。法院不负责强制变更，如果权利人不申请，法院也不能当然强制执行，法院也没有主动通知房屋或土地管理部门的义务。
由于未及时办理变更登记而造成房屋或土地被转让，并且该转让行为的受让人为善意第三人，则只能向转让人要求赔偿损失，不能撤销该交易。