工程款项纠纷可以起诉到检察院吗？?

结论：不可以。
解析：
可以直接起诉，但要去法院。当事人可以准备相关证据及诉讼材料向法院提起诉讼，要求判令对方按照约定支付工程款。起诉可以向工程所在地法院也可以向被告所在地法院起诉，起诉的同时最好申请财产保全，查封账户和其他财产；胜诉之后，如果对方在履行期未履行法院判决，可以申请法院强制执行。
法律依据：
《中华人民共和国民事诉讼法》第三条
人民法院受理公民之间、法人之间、其他组织之间以及他们相互之间因财产关系和人身关系提起的民事诉讼，适用本法的规定。