软件著作权申请审查会运行吗

结论：软件著作权申请审查会运行。
解析：
软件著作权申请审查会运行。根据相关法律规定，对申请版权登记的作品，中国版权保护中心应当自受理日起60日内审查完成所受理的申请，确认符合条件的，应当予以登记，并发给登记证书。
法律依据：
《计算机软件著作权登记办法》第二十条
中国版权保护中心应当自受理日起60日内审查完成所受理的申请，申请符合《条例》和本办法规定的，予以登记，发给相应的登记证书，并予以公告。
第二十一条
有下列情况之一的，不予登记并书面通知申请人：
（一）表格内容填写不完整、不规范，且未在指定期限内补正的；
（二）提交的鉴别材料不是《条例》规定的软件程序和文档的；
（三）申请文件中出现的软件名称、权利人署名不一致，且未提交证明文件的；
（四）申请登记的软件存在权属争议的。