民事调解书违反了自愿原则怎么办

1、民事调解书如果违反合法或自愿原则，一方当事人扣押申请再审，法院院长也扣押发现错误决定再审。
2、一般当事人基于意思自治达成的调解协议，内容调整的是双方的权利义务，就未违反合法原则但当事人之间虽然自愿达成，但协议内容损害国家利益(主要是税收利益)、社会公共利益(如工程款优先受偿权就不能调解确认，必须依法判决)等，就属于违反合法原则，调解协议不应准许，必须依法判决。