申请保全，可以冻结被告的支付宝或微信账户吗

可以的。
法律依据：
《民事诉讼法》第二百四十二条规定：
被执行人未按执行通知履行法律文书确定的义务，人民法院有权向有关单位查询被执行人的存款、债券、股票、基金份额等财产情况。人民法院有权根据不同情形扣押、冻结、划拨、变价被执行人的财产。人民法院查询、扣押、冻结、划拨、变价的财产不得超出被执行人应当履行义务的范围。
人民法院决定扣押、冻结、划拨、变价财产，应当作出裁定，并发出协助执行通知书，有关单位必须办理。
支付宝及微的运营公司无疑属于法律规定的“相关单位”，作为被执行人财产的保管单位，当法院因办案需要，履行合法手续后，它们必须予以配合法院的查询、冻结、划扣等执法行为。
《民事诉讼法》第一百一十四条又规定：
有义务协助调查、执行的单位有下列行为之一的，人民法院除责令其履行协助义务外，并可以予以罚款：
(一)有关单位拒绝或者妨碍人民法院调查取证的;
(二)有关单位接到人民法院协助执行通知书后，拒不协助查询、扣押、冻结、划拨、变价财产的;
(三)有关单位接到人民法院协助执行通知书后，拒不协助扣留被执行人的收入、办理有关财产权证照转移手续、转交有关票证、证照或者其他财产的;
(四)其他拒绝协助执行的。