基本农田上种植的违法行为该由谁来管？

根据你的问题解答如下, 基本农田是指按照一定时期人口和社会经济发展对农产品的需求，依据土地利用总体规划确定的不得占用的耕地。省、自治区、直辖市划定的基本农田应当占本行政区域内耕地总面积的80以上。
基本农田保护区是指为对基本农田实行特殊保护而依据土地利用总体规划和依照法定程序确定的特定保护区域。下列耕地应当划入基本农田保护区：经有关主管部门或者县级以上地方人民政府批准确定的粮、棉、油生产基地内的耕地;有良好的水利与水土保持设施的耕地，正在改造或已列入改造规划的中、低产田;农业科研、教学试验田;集中连片程度较高的耕地;相邻城镇间、城市组团间和交通干线间绿色带中的耕地。为基本农田生产服务的农村道路、农田水利、农田防护林和其他农业设施，以及农田之间的其他零星土地，可以划入基本农田保护区。
《国土资源部办公厅关于印发市县乡级土地利用总体规划编制指导意见的通知》(国土资厅发〔〕51号)明确规定：县级土地利用总体规划，应结合土地用途区确定，划定基本农田保护区;乡级土地利用总体规划，应将县级规划划定的基本农田保护区进一步落实到地块。
因此，可以看出，基本农田和基本农田保护区有密切联系：基本农田和基本农田保护区同样都是主要由耕地构成，都要实行严格保护，基本农田一般都位于基本农田保护区内，基本农田保护区的土地绝大部分都属于基本农田。同时，二者又有区别：基本农田是地块概念，必须落实到具体地块，一般由乡镇土地利用总体规划具体落实，划定到地块;基本农田保护区则是区域概念，基本农田保护区内以基本农田为主，但并非都是基本农田，除了基本农田外，还可能有少量零星的一般耕地、其他农用地、建设用地、未利用地等，基本农田保护区一般由县市级土地利用总体规划确定。