民事纠纷赔偿会不会留下案底

不会的。

民事纠纷不会留案底。
1、民事纠纷只是在派出所留有问询记录或调解记录，不叫案底。
2、留有案底的是属于刑事案件。
3、民事纠纷如果上升到刑事案件就要留案底了。
案底一般指当事人过去犯法或犯罪行为的记录。
又称犯罪人员犯罪记录制度，在我国法律中一般指有过刑事犯罪前科的档案记录，而该犯罪档案一般存放至公安部门保存。
刑事犯罪记录永久保存，任何时间都可以在公安机关系统网内查询到。

《刑事诉讼法》第二百八十六条
犯罪的时候不满十八周岁，被判处五年有期徒刑以下刑罚的，应当对相关犯罪记录予以封存。犯罪记录被封存的，不得向任何单位和个人提供，但司法机关为办案需要或者有关单位根据国家规定进行查询的除外。依法进行查询的单位，应当对被封存的犯罪记录的情况予以保密。