设立协议和公司章程冲突该怎么解决

设立协议和公司章程冲突时，解决原则如下：
从时间适用看，设立协议是公司设立时，由发起人订立的关于公司设立事项的协议，约束发起人。公司章程是公司成立后，对公司、股东、董事等有普遍约束力的自治规则。通常公司成立后，公司章程效力优先。因为它是公司正式运营的基本准则，经过登记备案，有公示效力。
从内容适用看，公司设立过程中产生的纠纷，设立协议有约定的按约定处理。像公司设立阶段的出资违约责任、费用承担等问题，设立协议约定更有针对性，此时设立协议优先。但公司成立后的运营、治理等问题，以公司章程为主要依据。比如公司的组织机构设置、议事规则等，要按公司章程执行。
要是设立协议和公司章程冲突引发纠纷，当事人可先协商解决。协商不成，可向法院起诉，由法院结合上述原则，根据具体情况判断适用依据。处理冲突时，要综合考虑协议和章程的目的、背景，以及对公司和相关方的影响，以此维护公司和各利益相关方的合法权益。

案情回顾:

小朱、小李、小胡三人发起设立一家公司，签订了设立协议，约定了出资违约责任等内容。公司成立后，制定了公司章程。后来，小朱未按设立协议约定出资，小李和小胡要求其承担违约责任，小朱却认为应按公司章程处理。此外，在公司运营中，对于组织机构设置问题，三人也因设立协议和公司章程规定不同产生争议。

案情分析:

1、在时间适用上，公司成立后，公司章程效力优先。本案中公司已成立，对于公司运营、治理等问题，如组织机构设置，应按照公司章程执行。
2、在内容适用上，对于公司设立过程中产生的纠纷，设立协议有约定的从约定。小朱未按设立协议出资的违约责任问题，设立协议的相关约定更具针对性，此时设立协议优先适用。若协商不成，可向法院提起诉讼，由法院结合上述原则判断适用依据。