非法占用农用地的管辖部门是哪些

非法占用农用地案件由多部门管辖：
行政方面，自然资源主管部门监管土地利用，对违规行为责令整改、恢复原状，符合规划的没收建筑、设施并罚款。
农业农村主管部门在耕地质量受破坏时参与监管。
刑事方面，公安机关负责侦查非法占用农用地罪案件，收集证据、抓捕嫌疑人；
检察院审查起诉；
法院进行审理判决。

案情回顾:

小朱未经相关部门批准，非法占用了一片农用地用于建设养殖场。自然资源主管部门发现后，责令小朱停止违法行为、限期恢复土地原状，并作出了罚款的处罚决定。但小朱认为自己的行为并未造成严重后果，拒绝执行处罚。农业农村主管部门经调查发现，该农用地的耕地质量遭到了一定程度的破坏，也介入了监管。公安机关认为小朱的行为涉嫌非法占用农用地罪，对其展开侦查。

案情分析:

1、在行政层面，自然资源主管部门对土地利用有监管职责，有权对非法占用农用地行为作出责令停止、限期改正等处罚，小朱拒绝执行处罚是不合法的。农业农村主管部门在耕地质量保护方面有职责，因小朱的行为破坏了耕地质量，其介入监管合理合法。
2、在刑事层面，公安机关对涉嫌非法占用农用地罪的案件有管辖权，对小朱展开侦查是依法履行职责。后续检察院会负责审查起诉，法院将对案件进行审理判决。