不是很清楚税率，工程合同印花税率是多少

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老条例是罚款50倍，是轻税重罚。自从实施了《征管法》后，这条规定就失效了。罚款额不会太高的，你在跟税管员好好沟通一下。
你单位的这种情况处理适用《征管法》第六十四条的规定。
《征管法》第六十四条---纳税人、扣缴义务人编造虚假计税依据的，由税务机关责令限期改正，并处五万元以下罚款。
纳税人不进行纳税申报，不缴或少缴应纳税款的，由税务机关追缴其不缴或少缴的税款、滞纳金，并处不缴或少缴的税款百分之五十以上五倍以下的罚款。

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以运费收入不含税20万依据，依0.5‰计算货物运输合同印花税率。
　　《国家税务总局、铁道部关于铁路货运凭证印花税若干问题的通知》(国税发〔2006〕101号)第二条规定，铁路货运运费结算凭证为印花税应税凭证，包括：
　　
1.货票(发站发送货物时使用)。
　　
2.运费杂费收据(到站收取货物运费时使用)。
　　
3.合资、地方铁路货运运费结算凭证(合资铁路公司、地方铁路单独计算核收本单位管内运费时使用)。
　　上述凭证中所列运费为印花税的计税依据，包括统一运价运费、特价或加价运费、合资和地方铁路运费、新路均摊费、电力附加费。
　　对分段计费一次核收运费的，以结算凭证所记载的全程运费为计税依据;对分段计费分别核收运费的，以分别核收运费的结算凭证所记载的运费为计税依据。因此，货物运输合同印花税的计税依据为取得的运费金额，不包括装卸费金额。