法人代表（99%股权）签订的股权转让协议受法律保护

要具体结合目标企业的组织形式、章程等具体分析，如果是公司，股东之间的可以直接转让，转让给第三人的须征求其他股东意见。如果是其他的企业形式，按照相应的法律规定及章程执行。