有投资协议是否能认定为股东权益

有投资协议不一定能认定为股东权益。如果只是签了入股协议，但是没有办理工商变更，也没有缴付出资款，那么不能认定为具有股东权益。如果出资款已经缴付，已经签了入股协议，双方意思表示真实，只是没有办理工商登记，实质上就已经取得了股东的权利及义务。

《最高人民法院关于适用<中华人民共和国公司法>若干问题的规定（三）》第二十四条
有限责任公司的实际出资人与名义出资人订立合同，约定由实际出资人出资并享有投资权益，以名义出资人为名义股东，实际出资人与名义股东对该合同效力发生争议的，如无合同法第五十二条规定的情形，人民法院应当认定该合同有效。
前款规定的实际出资人与名义股东因投资权益的归属发生争议，实际出资人以其实际履行了出资义务为由向名义股东主张权利的，人民法院应予支持。名义股东以公司股东名册记载、公司登记机关登记为由否认实际出资人权利的，人民法院不予支持。