征收药材基地的补偿标准全国各地规定不同，以当地省级政府制定的征收补偿政策为依据。一般是要按照药材的市场价格来评估给被征收方补偿价格的，包括有中草药的成本费用、人工费用、投入成本费用、安置补偿等等费用。
征收耕地的补偿费用包括土地补偿费、安置补助费以及地上附着物和青苗的补偿费。征收耕地的土地补偿费，为该耕地被征收前三年平均年产值的六至十倍。征收耕地的安置补助费，按照需要安置的农业人口数计算。需要安置的农业人口数，按照被征收的耕地数量除以征地前被征收单位平均每人占有耕地的数量计算。每一个需要安置的农业人口的安置补助费标准，为该耕地被征收前三年平均年产值的四至六倍。但是，每公顷被征收耕地的安置补助费，最高不得超过被征收前三年平均年产值的十五倍。
