1、主体不同，审查批捕的主体是人民检察院的侦监科，审查起诉的主体是是由人民检察院公诉科。
2、在案件中所处的阶段不同。审查批捕是侦查机关(一般为公安机关)在立案侦查后，对案件的基本事实有了一定的了解，认为犯罪嫌疑人符合逮捕的条件与有逮捕的必要的，就会把案件移送到检察院侦监科申请逮捕犯罪嫌疑人，经检察院侦监科审查批捕后再移送回侦查机关继续侦查;审查起诉是侦查机关对案件侦查终结后移送到检察院公诉科请公诉科提起公诉，检察院公诉科就对这些案卷进行审查。
3、后果不同。案件经检察院侦监科审查批捕后，后果有两个，就是批准逮捕犯罪嫌疑人或者不予批准逮捕犯罪嫌疑人，案卷会移送回侦查机关继续侦查;案件经过检察院公诉科审查终结后，后果也有两个，起诉或者不起诉，如果是符合起诉条件的案件，经过审查终结后，就会被移送到人民法院提起公诉。
