首先，必须清晰确定被告。
在挂靠运输公司引发的事故纠纷里，相关主体众多，像运输公司以及实际实施侵权行为的人（例如司机等）都有可能成为被告。
接着着手准备起诉状，需详细写明原告（可以是受害人或者其家属等相关方）以及被告的基本信息，还有诉讼请求，像要求赔偿的损失具体金额、应承担的责任方式等，同时要阐述清楚事故发生的整个经过、挂靠关系的情况以及各相关方应当承担责任的依据等事实和理由。
然后要认真收集证据，像事故认定书能明确事故责任，挂靠协议可证明挂靠关系，若涉及人身伤害则要有医疗单据，对于财产损失要有评估报告等。
把起诉状和收集好的证据一并提交给有管辖权的法院，一般是事故发生地或者被告住所地的法院。
法院受理后会送达传票等法律文书，随后便进入开庭审理阶段，在此过程中双方要进行举证、质证和辩论，最终由法院作出判决。
