就是我欠了一个老板9000块钱,在他那里上班抵了差不多6000块钱,现在还欠3000块钱,他起诉我说我欠他9000块钱?

当遇到这种情况，你应积极应诉，收集证据证明已还款部分，向法院说明真实情况。具体可参考以下做法：
- **收集还款证据**：若有银行转账、或支付宝转账记录，可直接作为还款证据，注意要确保记录包含转账时间、金额及双方账号等信息。若以工资抵扣欠款，可提供工资条、考勤记录、工作记录等，证明在其处工作及工资抵扣欠款的事实。也可寻找证人证言，如同事证明你在老板处工作及工资抵扣欠款情况，或让老板出具的收条、双方关于还款的聊天记录、通话录音等，只要能证明已还款6000元即可。
- **按时参加庭审**：收到法院传票后，要仔细核对传票上的开庭时间、地点等信息，务必按时参加庭审。若无法亲自参加，需及时联系法院申请延期或委托代理人参加。缺席判决可能会导致你丧失抗辩权利，法院将直接支持原告诉求。
- **阐述事实与抗辩**：庭审中，向法官如实说明借款金额及已通过工作抵偿6000元的情况，提交相关证据。根据“谁主张，谁举证”原则，你需证明已还款事实，只要证据充分，法院会根据实际情况判决，扣除已还款的6000元，只要求你偿还剩余的3000元欠款。
- **尝试协商解决**：在诉讼过程中，可主动与老板沟通协商，说明自己的还款意愿和经济状况，尝试达成和解协议，如制定分期还款计划，争取让对方撤诉或由法院根据和解协议出具调解书，避免进入强制执行程序。