在破产清算程序终止时，债务人企业被注销，债权债务的主体都不复存在，当然也就不存在重新计算诉讼时效的问题。在和解程序与重整程序中，破产程序因双方就债务清偿达成和解协议或重整计划而终止。此后，如果债务人不能执行或不执行和解协议或重整计划，将被依法转入破产清算程序；如果债务人将和解协议或重整计划执行完毕，依据和解协议或重整计划减免的债务就不再清偿，债务关系已经彻底解决，不复存在，所以在这两种情况下均不存在重新计算诉讼时效的问题。
唯一不同的是，债务人与全体债权人依据《企业破产法》第105条的规定就债权债务的处理自行达成协议，并请求人民法院裁定认可而终结破产程序的情况。在此种情况下，《企业破产法》没有规定债务人不履行协议时可以依法直接转入破产清算程序，所以应当自破产程序终结时起重新计算诉讼时效。
然而，尽管诉讼时效中断后在破产程序中发展的绝大多数结果是诉讼时效的终结，在司法解释中仍然只能将这种情况规定为诉讼时效的中断。因为在诉讼时效中断时，尚不能确定破产程序的发展方向和最终结果是什么，根据当时的实际情况，规定为诉讼时效中断仍是最准确的。
