我遭遇了车祸后，保险公司申请理赔，保险公司以我的证件不全为由拒绝了代位赔偿，现在肇事司机也不配合，我该怎么解决索赔的呢？

直接起诉对方驾驶员和对方的保险公司。你必须提供的证件不齐全，你的保险公司当然可以合理合法拒绝代位赔偿。所以，你只能按照规定程序，先自己垫付损失，最后凭发票向对方索赔，对方再不索赔的，你再起诉。