我已经好几年没有回我们老家那边了，因为最近这几年我一直都在外面工作最近我回老家了之后发现我爸爸建了房子非法占用耕地建房的应该怎么办？

可以有偿使用并补办相关手续的情形：原拆原建或占用非耕地建房的，符合村庄规划且占地面积超批准面积50%以下（不含50%）的；原拆原建或占用非耕地建房的，符合村庄规划且建筑面积超建筑标准面积80%以下的或建筑高度超准建高度6米以下的。