我朋友一家公司合作买了一个软件，在前天发布发布会。结果我朋友的公司给另外一家公司给告上法庭。原因是我朋友的公司侵权了那一家公司的软件，这款软件已经给那家公司申请了专利。但是我朋友事先并不知道这款软件是与他合作那家公司盗取别人的。现在他应该怎么办？

据您所述，
1、向您的朋友卖出系统的这家公司是属于具有经营资格的公司，
2、您的朋友对该公司的侵权行为并不知情，
3、您的朋友通过支付合理价格并签订合同购买了该系统，基于上述三个事实，您的朋友不构成侵权，不需要承担赔偿责任，但应该立即停止继续使用该系统。 北京市高级人民法院《专利侵权判定指南》 13
3、为生产经营目的，使用、许诺销售或者销售不知道是未经专利权人许可而制造并售出的专利产品或者依照专利方法直接获得的产品的行为，属于侵犯专利权行为。使用者或者销售者能证明其产品合法来源的，不承担赔偿责任，但是应当承担停止侵害的法律责任。合法来源是指使用者或者销售者从合法的进货渠道，以合理的价格购买了被诉侵权产品，并提供相关票据。