1、主体不同，庭外调查的主体是法院、法庭调查的主体是人民法院、当事人和诉讼代理人。
2、方式不同，一般来说，法庭调查除了民诉法中第一百二十条的规定情形外，都是公开进行的，把审判活动置于诉讼参与人和群众的监督下，透明度很高，而庭外调查则是由人民法院两人以上共同进行，大多数情况与当事人是背靠背的，透明度很低。
3、范围不同。“谁主张、谁举证”是民事诉讼的一项重要原则。当事人举证的范围包括能证明自己主张的所有证据和反驳对方主张的所有证据，带有明显的“功利性”。即只举对已有利的证据，无利的则不举。而庭外调查的范围则限于最高院关于适用民诉法若干问题的意见第73条规定的四种情况。可见庭外调查的范围应比法庭调查的范围小得多。而且庭外调查的目的是进一步排除疑问，查清案件事实，并不是为一方当事人服务的。
4、产生的阶段不同。法庭调查特指开庭审理中的一个阶段。除此之外，就不能说是法庭调查了。而庭外调查只能产生在开庭审理前或开庭审理后，而不能产生在开庭审理中。当然，庭外调查，收集的证据最终还要经过开庭审理才能得到确认。
5、主次有别。法庭调查是开庭审理的核心，是民事诉讼的必经阶段，未经法庭调查所确认的证据就不能成为定案的根据。而庭外调查则是法庭调查的必要补充，处于从属的地位。人民法院要根据案件的需要决定是否进行庭外调查。即案件需要时才进行庭外调查，不需要时就不进行庭外调查。庭外调查不是民事诉讼的必经阶段。
