在刑事诉讼中，正确的运用间接证据对整个诉讼活动都有着非常重要的作用，根据间接证据可以确定侦查方向，发现犯罪嫌疑人，获取直接证据的线索，鉴别和判断直接证据的真伪。特别是对于一些没有直接证据的案件，只要取得的间接证据真实可靠，能充分证明案件的主要事实，同样可以依据间接证据认定案件事实。
但是，因间接证据的自身特点，运用间接证据来认定案件事实是个困难复杂的过程。一般情况下，在刑事案件中，直接证据和间接证据是并存的，但有时缺乏直接证据，在完全运用间接证据认定有罪时必须遵守以下规则：
首先，要严格遵守运用证据的一般规则。即：
1、据以定案的每一间接证据必须查证属实。
2、间接证据必须与案件主要事实存在客观联系。
3、间接证据的收集必须合法，方法必须科学。
其次，间接证据必须形成完整的证明体系。这要求间接证据形成一个又一个证明环节，每一个环节都能够证明相应的案件事实，而且每个环节都要衔接好，从而形成一个完整的证据链。
第三，间接证据与案件事实之间以及间接证据相互之间必须协调一致，没有矛盾。如果存在矛盾应当去调查研究“去伪存真”使矛盾合理排除。
第四，间接证据所形成的证明体系必须足以排除其它可能性，得出的结论必须是唯一的。
