刑事案件法院程序违法怎么办

可以申请审判监督程序。对已经发生法律效力的判决、裁定和调解书，并不排除存在错误的可能，为此，法律专门规定了用以纠正生效法律文书中的错误的程序，这就是审判监督程序。申诉。

当事人及其法定代理人、近亲属对已发生法律效力的裁判不服的，可以进行申诉。

人民检察院刑事诉讼规则(试行)

第五百九十三条

 当事人及其法定代理人、近亲属认为人民法院已经发生法律效力的刑事判决、裁定确有错误，向人民检察院申诉的，由作出生效判决、裁定的人民法院的同级人民检察院刑事申诉检察部门依法办理。 当事人及其法定代理人、近亲属直接向上级人民检察院申诉的，上级人民检察院可以交由作出生效判决、裁定的人民法院的同级人民检察院受理;案情重大、疑难、复杂的，上级人民检察院可以直接受理。 当事人及其法定代理人、近亲属对人民法院已经发生法律效力的判决、裁定提出申诉，经人民检察院复查决定不予抗诉后继续提出申诉的，上一级人民检察院应当受理。 不服人民法院死刑终审判决、裁定尚未执行的申诉，由监所检察部门办理。