女方孕期男方出轨，女方起诉离婚，法院通常按以下方式处理：若女方能提供充分证据证明男方出轨，调解无效后，法院一般认定夫妻感情破裂准予离婚。财产分割会照顾子女、女方和无过错方权益，女方可能适当多分。女方可请求物质和精神损害赔偿。孩子出生两周岁内原则上由母亲抚养，男方付抚养费。此外，孕期一般男方不得起诉离婚，女方提出或法院认为必要受理除外。