农村土地承包经营权证的发放，是有时间规定的，如果有异议的，建议向当地乡(镇)人民政府农村经营管理部门，或者土地管理部门进行咨询。具体地方的办事方法不一样，你提到的“办理了”可能只是提交了申请，交了资料，最终是否办理完毕，是通过了还是没通过还要去相应办理土地登记的机构去咨询。
农民集体所有的土地，由土地所有者向土地所在地的县级人民政府土地行政主管部门提出土地登记申请，由县级人民政府登记造册，核发集体土地所有权证书，确认所有权。农民集体所有的土地依法用于非农业建设的，由土地使用者向土地所在地的县级人民政府土地行政主管部门提出土地登记申请，由县级人民政府登记造册，核发集体土地使用权证书，确认建设用地使用权。设区的市人民政府可以对市辖区内农民集体所有的土地实行统一登记。
可见，农民集体所有土地用于非农业建设的，才需要给使用权人发给土地使用证，发证机关为县级或者市级土地管理部门。
