(一)相关规定
与此前有关政策性搬迁所得税问题的几个文件比较，国家税务总局《关于企业政策性搬迁所得税有关问题的公告》(国家税务总局2013年第11号公告，以下简称11号公告)在“搬迁中购置资产支出是否可以从搬迁收入中扣除，以搬迁收入购置资产的折旧、摊销可否税前扣除”两方面作出了新的规定。
11号公告下发以前，企业搬迁所得税政策主要经历了以下几个过程的变化：
1、财政部、国家税务总局《关于企业政策性搬迁收入有关企业所得税处理问题的通知》(财税[2007]61号，以下简称财税[2007]61号)规定：
(1)企业搬迁收入扣除重置固定资产(含土地使用权，下同)、技术改造和安置职工费用，其余计入应纳税所得额;
(2)搬迁企业利用政策性搬迁收入购置的固定资产，可以安照现行税收规定计提折旧或摊销，并在企业所得税税前扣除。2008年《企业所得税法》实施后，财税[2007]61号在现行税法框架下失效。
2、国家税务总局《关于企业政策性搬迁或处置收入有关企业所得税处理问题的通知》(国税函[2009]118号，以下简称国税函[2009]118号)，基本沿用财税[2007]61号的规定，其中关于固定资产购置支出的扣除及其提取折旧、摊销的规定，基本上与财税[2007]61号的表述完全一致。
3、国家税务关于《关于发布
<企业政策性搬迁所得税管理办法>
的公告》(国家税务总局公告第40号，以下简称40号公告)，对财税[2007]61号和国税函[2009]118号中有关购置资产扣除作了实质性变更，规定“企业发生的购置资产支出，不得从搬迁收入中扣除”。40号公告明确，国税函[2009]118号失效。
40号公告下发后，由于搬迁过程中购置土地、厂房、办公楼等是搬迁支出的大项，由原来允许从收入中扣除改为不允许从收入中扣除，使得企业搬迁所得突然大幅增加，引发搬迁企业产生强烈质疑。
11号公告对40号公告有关购置资产在收入中扣除的规定作了适度的调整。11号公告规定：
(1)凡在40号公告生效前(10月1日前)已经签订搬迁协议且未完成搬迁清算的企业政策性搬迁项目，企业在重建或恢复生产过程中购置的各类资产，可以作为搬迁支出，从搬迁收入中扣除。但购置各类资产，应以剔除该搬迁补偿收入后的余值，作为该资产的计税基础，并按规定计算折旧或费用摊销。
(2)11号公告自10月1日起执行，凡在40号公告生效后签订搬迁协议的政策性搬迁项目，应当按照40号公告有关规定执行。
(二)先纳税后扣除与先扣除后纳税涉及所得税的利弊分析
所谓先纳税后扣除，是指按40号公告的规定，搬迁时购置资产支出不从搬迁收入中扣除，按照搬迁收入扣除其他搬迁支出后的余额作为搬迁所得纳税，购置的资产计提折旧、摊销时，再按正常情况下的折旧费、摊销费在税前扣除。
所谓先扣除后纳税，是指按11号公告的规定：
(1)搬迁中购置的各类资产作为搬迁支出从搬迁收入中扣除，从而使被扣除的这部分收入暂不缴纳所得税;
(2)对搬迁中购置的各类资产，按照剔除已扣除搬迁收入后的余值作为该资产的计税基础，据以计算税收上的折旧或摊销。如果购置的某项资产支出已全额从搬迁收入中扣除，则该资产的计税基础为0，计税时应按会计上计提的折旧或摊销，调增应纳税所得额(以下简称应税所得或所得额)纳税。
比较以上两种处理方法，前一种纳税时间在搬迁清算时，后一种纳税时间是在相关资产折旧或摊销时，采用相等的扣除额，后者应支付的税款现值远低于前者应支付的税款现值。比如某公司实施政策性搬迁，重建厂房、办公楼和其他建筑物开支1 200万元，购置土地使用权开支800万元，房屋建筑物折旧年限为20年，土地使用权摊销年限为50年，均不考虑净残值。假定在购置资产存续期间，企业所得税税率均为25%，且搬迁收入扣除包括资产购置在内的搬迁支出后仍有余额。
采用先纳税后扣除方法时，应因为购置资产支出未扣除而多缴所得税500万元(2 000×25%)。
采用先扣除后纳税方法时，按年利率9%的年金计算，房产20年、土地50年所提折旧、摊销调增所得应缴税款现值为180.78万元，比先纳税后扣除时节约所得税(现值)319.22万元(500-180.78)。
