首先，签阴阳合同主要是为了逃避税收或骗取虚假的银行贷款，目的本身就是违法的。根据我国民法通则和合同法的规定，“恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益”、“违反法律、行政法规的强制性规定”和“以合法形式掩盖非法目的”的合同都是无效合同。双方签订的合同只有得到法律确认才能被认定为有效，才能受到法律保护。如果合同效力有瑕疵，那么当事人的权利就处于一种不确定状态，也不会受到法律的严密保护。如果双方因房屋交易发生诉讼，法院就要对阴阳合同的订立情况及其效力进行审查。一旦合同被认定为无效，那么基于阳合同办理的过户手续有可能因登记不实而被撤销。
其次，签阴阳合同还将面临行政罚款的风险。我国税收征管法明确规定，纳税人采取虚假的纳税申报手段不缴或者少缴应纳税款的，属于偷税，由税务机关追缴其税款，并处以5倍以下罚款。
最严重的是，签阴阳合同还有可能被追究刑事责任。按照我国刑法第 201条，纳税人偷税数额占应纳税额的10%以上不满30%，并且偷税数额在1万元以上不满10万元的，处3年以下有期徒刑或者拘役，并处偷税数额1倍以上5倍以下罚金;偷税数额占应纳税额的30%以上并且偷税数额在10万元以上的，处3年以上7年以下有期徒刑，并处偷税数额1倍以上5倍以下罚金。
