制过程中劳动关系的处理一般包括劳动合同的变更、解除、终止以及对停薪留职、自谋职业、工伤、患病或非因工负伤等其它特殊情况的处理等几方面。
对于停薪留职的职工，企业在实施改制时，一般应当由企业通知其限期返回单位，协商处理劳动关系。协商一致的，可比照企业其他职工处理其劳动关系;协商不一致的，可由原企业与其解除劳动关系，支付经济补偿金。若在通知发出后逾期不归的，按自动离职处理，解除劳动关系，可不支付经济补偿金。
对于企业改制前经过单位允许自谋职业，尚未解除劳动关系的职工，可按协商一致的原则，解除劳动合同关系，给予经济补偿金。在企业改制前，职工自谋职业并已解除劳动关系的，则不再参加企业改制。
对于工伤的职工，应当按照《工伤保险条例》的相关规定，被鉴定为一级至四级伤残的职工，与企业保留劳动关系，退出工作岗位，享受工伤保险待遇，由工伤保险基金根据相关规定承担相应费用;被鉴定为五至十级伤残的职工，如在企业改制时提出与企业解除或终止劳动合同关系，可按《工伤保险条例》等相关规定一次性计发医疗和就业补助金，并支付经济补偿金。
