甲公司与其分公司的业务指导关系是由《民法典》调整的吗

不受《中华人民共和国民法典》调整范畴。
《中华人民共和国民法典》旨在调整平等主体间进行的各类民事行为所产生的各类人格权法律关系以及各项财产权利的法律关系。
然而甲方公司与下属分公司之间的业务指导关系，属于企业集团内部的行政管理关系，并非处于平等地位的主体间的各类民事行为，不属于《中华人民共和国民法典》的调整范围之内。《中华人民共和国民法典》第二条
民法调整平等主体的自然人、法人和非法人组织之间的人身关系和财产关系。