涉及超速百分之五十且遭到扣除十二分处罚的违章行为的处理程序如下所述:当事人应于收到违章通知后的15个自然日内,前往机动车驾驶证核发地或违章行为发生地的公安机关交通管理部门参加相关知识的学习和培训,并且必须通过培训考核;之后,当事人还需再次进行驾驶技能的理论测试,以重新获得驾照;此外,当事人还需缴纳相应的罚款款项。《中华人民共和国道路交通安全法》第九十九条
有下列行为之一的,由公安机关交通管理部门处二百元以上二千元以下罚款:
(三)造成交通事故后逃逸,尚不构成犯罪的;
(四)机动车行驶超过规定时速百分之五十的;
(八)非法拦截、扣留机动车辆,不听劝阻,造成交通严重阻塞或者较大财产损失的。
行为人有前款第二项、第四项情形之一的,可以并处吊销机动车驾驶证;有第一项、第三项、第五项至第八项情形之一的,可以并处十五日以下拘留。