1、处理荒山承包合同纠纷的方式有，当事人可以协商处理；如果协商不成的，当事人可以请求村民委员会、乡（镇）人民政府等调解；也可以向农村土地承包仲裁机构申请仲裁；或者直接向法院起诉。
2、法律依据：
《中华人民共和国农村土地承包法》
第二十二条 发包方应当与承包方签订书面承包合同。
承包合同一般包括以下条款：
（一）发包方、承包方的名称，发包方负责人和承包方代表的姓名、住所；
（二）承包土地的名称、坐落、面积、质量等级；
（三）承包期限和起止日期；
（四）承包土地的用途；
（五）发包方和承包方的权利和义务；
（六）违约责任。
第五十五条 因土地承包经营发生纠纷的，双方当事人可以通过协商解决，也可以请求村民委员会、乡（镇）人民政府等调解解决。
当事人不愿协商、调解或者协商、调解不成的，可以向农村土地承包仲裁机构申请仲裁，也可以直接向人民法院起诉。
第五十六条 任何组织和个人侵害土地承包经营权、土地经营权的，应当承担民事责任。
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