软件著作权侵权损害赔偿额的确定方式主要有：
一、权利人因侵权行为受到的损失额。时间期限从侵权人实施侵权行为时起至行为停止时止，注意因果关系的证明，即权利人销售量与侵权人侵权行为致销售量下降之间的因果关系。
二、侵权人因侵权行为所获得的利润。在权利人损失无法计算时，可以通过侵权人销售侵权产品数量乘以销售价格计算。在很多时候，被告方是不愿意提供销售数据的，所以也很难获取证据。当权利人的损失数额与侵权人获利不一致时，适用较高的。
三、参照软件许可使用费的倍数确定赔偿数额。在未经许可商业性使用他人软件侵犯他人软件著作权的案件中，软件著作权人本可以通过许可使用的方式获取利益，可以根据被告实施侵权行为时间、范围等按照许可使用费计算标准进行计算。
软件侵权所造成的间接损失主要为权利人行使软件作品著作权的可得利益损失。这些损失包括权利人丧失的市场份额及市场竞争力上的削弱，以及商业信誉的损失。此外，对于用制止侵权行为的合理费用也应计算在内。
法律依据：
《中华人民共和国著作权法》第五十四条
侵犯著作权或者与著作权有关的权利的，侵权人应当按照权利人因此受到的实际损失或者侵权人的违法所得给予赔偿；权利人的实际损失或者侵权人的违法所得难以计算的，可以参照该权利使用费给予赔偿。对故意侵犯著作权或者与著作权有关的权利，情节严重的，可以在按照上述方法确定数额的一倍以上五倍以下给予赔偿。
权利人的实际损失、侵权人的违法所得、权利使用费难以计算的，由人民法院根据侵权行为的情节，判决给予五百元以上五百万元以下的赔偿。
赔偿数额还应当包括权利人为制止侵权行为所支付的合理开支。
人民法院为确定赔偿数额，在权利人已经尽了必要举证责任，而与侵权行为相关的账簿、资料等主要由侵权人掌握的，可以责令侵权人提供与侵权行为相关的账簿、资料等；侵权人不提供，或者提供虚假的账簿、资料等的，人民法院可以参考权利人的主张和提供的证据确定赔偿数额。
人民法院审理著作权纠纷案件，应权利人请求，对侵权复制品，除特殊情况外，责令销毁；对主要用于制造侵权复制品的材料、工具、设备等，责令销毁，且不予补偿；或者在特殊情况下，责令禁止前述材料、工具、设备等进入商业渠道，且不予补偿。
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