1.立案
2.调查程序
3.决定程序
4.处罚决定书的送达和执行
具体解析：
1.建筑时属违章建筑，但经过城市土管、规划部门的罚款处理后，责令其补办手续后，房屋所有人已补办了有关手续，仅因为房屋属拆迁范围，房屋产权证暂停办理而没有取得房屋产权证的。（如果房屋产权证早已补办到手或使用欺骗手段取得房屋产权证的，不属本文研究范围。）
2.建筑时属违章建筑，但经过城市土管、规划部门的罚款处理后，责令补办手续未补办有关手续的。因为被拆迁人的违章建筑显然不属严重违反城市规划，所以，相关部门才可以进行罚款处理，责令其补办手续，但其并未按照处罚规定缴纳罚款，补办手续，并未将违章建筑变为合法，其法律后果理应由其自负，房屋所有人当然不能享受拆迁补偿安置待遇。但是对于该违章建筑材料，由于是其合法收益购置的，应该酌情予以补偿。应该明确的是，对其建筑材料补偿仅仅是补偿其残存价值，不能按照建筑物的实际价值进行补偿。
3.建筑物属违章建筑，虽已按城市土管、规划部门处罚并补办了所有手续，但是在处罚决定上载明了附加条件的，要严格按照附加条件执行。如果附加条件不明确，难以理解的则被拆迁人对房屋享有货币补偿待遇，但不能享有安置待遇。理由有三：一是房屋产权证是拆迁补偿安置的的法律依据，但被拆迁人的房屋产权证是有瑕疵的，系按附加条件补办的，与一般的房屋产权证当然不可同日而语，被拆迁房屋由违章建筑变为合法，合法建筑当然享受按价补偿的待遇；二是被拆迁人建房时违反城市规划部门规定，未在城市规划内建筑房屋，现在要拆除，按照城市规划进行建筑，当然不可能对其予以安置；三是附加条件的契约性。因为处罚本来是一种行政行为，在处罚决定中载明一定的附加条件又体现民事的特点。在违章建筑本来就应该无条件拆除的情况下，处罚时，考虑各种因素形成的附加条件其实是双方的一种合约行为。如果载明的附加条件是待城市规划建设时无条件拆除的话，则被拆迁人不能享受法律规定的任何拆迁补偿安置待遇，应无条件拆除。
【法律条文】:
《国有土地上房屋征收与补偿条例》：
第二十四条 市、县级人民政府及其有关部门应当依法加强对建设活动的监督管理，对违反城乡规划进行建设的，依法予以处理。
市、县级人民政府作出房屋征收决定前，应当组织有关部门依法对征收范围内未经登记的建筑进行调查、认定和处理。对认定为合法建筑和未超过批准期限的临时建筑的，应当给予补偿;对认定为违法建筑和超过批准期限的临时建筑的，不予补偿。
