行政附带民事诉讼涉及到行政法律关系和民事法律关系两种不同性质的法律关系，行政诉讼部分或附带民事诉讼部分应当分别适用《行政诉讼法》和《民事诉讼法》的规定。在证据上，行政诉讼部分遵循《行政诉讼法》所遵循的证据规则。以举证责任为例，在行政诉讼过程中被告行政机关对具体行政行为负有举证责任，应当提供具体行政行为的证据和所依据的规范性文件，并且在诉讼过程不得自行向原告和证人收集证据。在附带民事诉讼部分则实行“谁主张谁举证”的证据规则，附带民事诉讼双方当事人各自负有举证责任提出证据以证明自己的主张。
二、调解
根据行政诉讼法的规定，行政案件（除行政赔偿案件外）一律不适用调解，但行政附带民事诉讼中的附带民事部分可以适用调解，因为附带民事诉讼从本质上而言属于民事诉讼，作为民事诉讼基本原则之一的调解原则当然适用。
根据《民事诉讼法》第9条规定：人民法院审理民事案件，应当根据自愿和合法的原则进行调解；调解不成的，应当及时判决。因此，法院对附带之间的民事争议在双方自愿的前提下应当依法进行调解，经调解达成协议的，法院应当及时制作调解书，如果经调解无法达成协议或者调解书在签收之前，当事人反悔的，法院应当将附带民事诉讼部分与行政诉讼一并审理判决。
三、审理方式
行政附带民事诉讼的审理一般有三种方式：
其一，附带民事诉讼与行政案件一并审判。附带民事诉讼与行政诉讼之间的因果关系清楚、案件事实简明无异议时，人民法院就将两种诉讼一并审理及判决，以迅速、及时地解决争议。
其二，附带民事诉讼与行政案件分开审理，一并作出判决。这种方式下人民法院首先对行政案件进行审理，然后在此基础上审理民事争议、附带将其解决。
其三，附带民事诉讼与行政案件分别审理、分别判决。
附带民事诉讼关系复杂、案情事实以及与行政案件的内在关联性含混不清、一时难以查明，如果一并审理，会超过行政诉讼的法定审理期限，影响行政案件的及时解决。此外，如果附带民事诉讼当事人因故不能出庭的，也应当考虑先对行政诉讼案件审判后再解决民事争议。
在此情况下，人民法院应当将两种诉讼分开审理，先审理行政案件，待行政案件审理完结后，再由同一审判组织继续审理附带民事诉讼，并另行作出判决，这样处理有利于人民法院按照法定程序、集中时间和精力，准确、谨慎地解决好两种不同性质的争议。
四、判决
在审理的第一种方式和第二种方式下，法院对行政诉讼部分与附带民事诉讼部分应当一并作出判决，并制作一张行政附带民事诉讼判决书。判决书的事实部分对具体行政行为合法性的事实和民事争议的事实应当予以叙述；判决书的理由部分应当分别阐述行政诉讼部分和附带民事诉讼部分的判决理由；判决主文部分应当将行政诉讼部分与附带民事诉讼的主文分开撰写。
如果由于客观原因行政诉讼部分与附带民事诉讼部分不能一并判决的，可以分别制作判决，但是两份判决书对各自未处理的民事或行政部分应当有所交代。
如果附带民事部分是调解结案的，应当分别制作行政诉讼判决书和附带民事诉讼调解书。
